Отдельно начальная и конечная точка. Можно эту кашу разгребать по-разному. Очень хочется написать свой вариант force atlas на сфере или вложенных сферах, но не знаю когда руки дойдут. Ещё там была выше картинка с варлусом. Они решают эту проблему, тем что из каждой вершины рисуют укладку на новую сферу с центром в данной вершине. Как это переложить на графы с циклами — не понятно. Нужно городить эвристики.