📍توصیف رونوشت‌های RNA با TSS Captur!! 👩🏻‍🔬در زیست‌شناسی مولکولی و ژنتیک، شناسایی مکان‌های شروع رونویسی (TSSs) می‌تواند بینش‌های ارزشمندی در مورد تنظیم بیان ژن در موجودات پروکاریوتی ارائه دهد. برای مثال می‌تواند به محققان کمک کند تا مکانیسم‌های کنترل شروع رونویسی را با اجازه دادن به شناسایی مکان‌های اتصال فاکتور رونویسی در نزدیکی درک کنند و ازاین‌رو بینش جدیدی در مورد تنظیم ژن ارائه می‌کنند. 🧬 اهمیت شناسایی TSS: نقشه برداری TSS به مطالعه‌ی شروع رونویسی و شناسایی عناصر نظارتی مانند مکان‌های اتصال فاکتور رونویسی کمک می‌کند. روش‌هایی مانند dRNA-seq و Cappable-seq امکان شناسایی پایه‌ی خاص TSSها را فراهم می‌کند. 🛠چالش ها و ابزارها: تجزیه و تحلیل مجموعه داده‌های TSS بزرگ به‌صورت دستی دشوار است و منجر‌به توسعه‌ی ابزارهای محاسباتی مانند TSSpredator می‌شود که TSS‌ها را به ژن های مشروح نگاشت می‌کند. بااین‌حال، برخی از TSS‌ها بدون ارتباط با ژن‌ها یا ضد حس درون ژن‌ها (aTSSs) هستند که به‌طور بالقوه نشان دهنده‌ی ژن‌های نادیده گرفته‌شده، مانند RNA های غیر کد کننده (ncRNA) یا فریم های خواندن باز کوچک (sORFs) هستند. 🔎 معرفی TSS Captur: این خط لوله جدید شناسایی سیگنال های یتیم بدون جايگاه و aTSS را تسهیل می کند. این داده‌های رونویسی را با توالی‌های ژنومی ادغام می‌کند تا رونوشت‌ها را به‌عنوان کدکننده (mRNA) یا غیرکدکننده (ncRNA) طبقه‌بندی کند و مکان‌های پایان (TTS) را پیش‌بینی کند. TSS Captur ابزارهایی مانند CNIT، QRNA، TransTermHP و MEME را برای طبقه‌بندی رونوشت، تحلیل موتیف پروموتر و تجسم ساختاری ترکیب می‌کند. 🔨 مقایسه با ابزارهای موجود: برخلاف ANNOgesic که دارای قابلیت های گسترده‌تر اما منحنی یادگیری تندتر است، TSS Captur یک رابط کاربرپسند ارائه می‌دهد و بر سیگنال‌های TSS بدون حاشیه تمرکز می‌کند. این شامل ویژگی‌هایی مانند تجسم ساختار ثانویه و تجزیه‌و‌تحلیل موتیف غنی‌شده در یک گزارش تعاملی است. همچنین TSS Captur از بروزرسانی آسان و سازگاری پشتیبانی می‌کند. 🔗 نتیجه‌گیری: TSS Captur به محققان در تجزیه و تحلیل سیگنال‌های رونویسی، پر کردن شکاف‌ها در ابزارهای حاشیه‌نویسی فعلی و پرورش اکتشافات در رونوشت‌شناسی باکتریایی کمک می‌کند. رویکرد کاربر محور آن، آن را برای دانشمندانی با سطوح مختلف تخصص در دسترس قرار می دهد. 📝 فاطمه رحيمی 🔍 شایان جمالی مهر °○| @ir_biotech_academy⚙️🌱 |○°