По моему мнению, все заключается, как ни банально, в деньгах.  Якутск - это самая большая административно-территориальная единица, где живет одна треть населения всей республики. Глава столицы - по статусу и влиянию почти равнозначен главе республики. Это раз. Второе, самый лакомый и привлекательный кусок - бюджет столицы, которого можно скушать, если бы мэром был "свой человек". Вот и вся причина отмены прямых выборов мэра Якутска. https://aartyk.ru/recommended/otmena-pryamyx-vyborov-mera-yakutska-za-dengi-da/