۳. آیا اتاق فرمان انقلاب فرهنگی در حزب جمهوری اسلامی بود؟ دلایل فراوانی وجود دارد که ثابت می‌کند سران حزب جمهوری اسلامی و در رأسشان،‌ سیدمحمد #بهشتی، اکبر #هاشمی_رفسنجانی، محمدجواد #باهنر و سید حسن #آیت طراحان و مجریان اصلی انقلاب فرهنگی بودند. روزنامهٔ جمهوری اسلامی بزرگترین رسانهٔ حامیان تعطیلی دانشگاه‌ها بود که آن زمان توسط میرحسین موسوی اداره می‌شد. نواری که حدود دو ماه بعد از انقلاب فرهنگی از حسن آیت افشا شد، نشان می‌دهد که او در زمستان ۵۸ در حال برنامه‌ریزی و برگزاری جلسه با برخی از دانشجویان برای اعمال فشار بر دانشجویان چپ‌گرا به منظور تضعیف دولت بنی‌صدر بوده است. اما قدیمی‌ترین سندی که از برنامه‌ریزی برای انقلاب فرهنگی حکایت دارد، گفتگوهایی است که از رهبران حزب جمهوری در شورای انقلاب بر جای مانده است. این گفتگوها که از شهریور ۱۳۵۸ آغاز شده بود، ثابت می‌کند که برنامهٔ نسبتاً منسجمی برای تغییر فضای دانشگاه از طریق اعمال زور در میان سیاستمداران حزب جمهوری وجود داشته است. داود علی‌بابایی بخشی از این گفتگوها را در کتابش نقل کرده است: بهشتی: «گروه‌های مخالف مسیر انقلاب ممکن است از تجمع در دانشگاه‌ها و مدارس برای منظورهای خود بهره‌برداری کنند. طبعاً باید پیش‌بینی لازم را در این امر داشت.» عزت‌الله سحابی: «جناح تندرو می‌خواهند درگیری ایجاد کنند، حتی خونریزی. ما باید پیش‌گیری کنیم.» معین‌فر: «به اطلاع بنده رسیده خیلی تحریک در دانشگاه‌ها هست؛ برخورد مسلم خواهد بود. دانشگاه خود به خود تعطیل خواهد شد.» مهندس میرحسین موسوی: «یک راه‌حل دیگر، آمدنِ مردم به دانشگاه است. نماز جمعه نیروی خردکننده‌ای برای مارکسیست‌هاست. فعالیت ایدئولوژیک، انقلاب فرهنگی و دانشگاه خالی از توده نباشد، درگیری حل می‌شود.» هاشمی رفسنجانی: «جلوی شلوغی دانشگاه‌ها را خوب می‌شود گرفت... عدهٔ زیادی بچه مسلمان اگر در تهران باشند، در مزاحمت برای انقلاب از آن دفاع کنند... از خشونت نمی‌ترسیم. امروز شروع شود بهتر از سه ماه دیگر است.» [منبع علی‌بابایی، د. بیست و پنج سال در ایران چه گذشت؟. ج ۲. صص ۴۶۷-۴۶۸] نمی‌شود گفت شواهدی که از دخالت هر یک از نیروهای سه‌گانهٔ فوق در انقلاب فرهنگی وجود دارد خلل‌ناپذیر است. مشکلی که تاریخ‌نگاران انقلاب فرهنگی با آن مواجه هستند این است که بسیاری از آرشیوها و اسناد مربوط به این حادثه در دسترس عموم قرار نگرفته است. به خصوص اینکه بسیاری از اعضای برجسته حزب جمهوری اسلامی ناگفته‌های فراوانی از آن دوران به جا گذاشته‌اند. انتظار زیادی نیست که بعد از چهل سال از انقلاب فرهنگی برخی از این آرشیوها به روی عموم باز شود.