جنگنده F-4 Phantom II از اواخر دهه 1960 تا زمان بازنشستگی آن در سال 2020 به عنوان یک جت جنگنده کلیدی برای نیروی (دفاعی) هوایی ژاپن (Japan Air Self-Defense Force or JASDF) خدمت کرد. ژاپن ابتدا 140 فروند از مدل F-4EJ را به خدمت گرفت که اکثر آنها توسط صنایع سنگین میتسوبیشی در داخل تولید می‌شدند. این جت‌ها برای دفاع هوایی، عملیات شناسایی (در مدل RF-4EJ) و جنگ دریایی استفاده می‌شدند. آخرین پرواز فانتوم در مارس 2021 انجام شد و پایان 50 سال خدمات آن بود. F-35A اکنون جایگزین فانتوم در عملیات JASDF شده است. پس از مارس 2021، ژاپن از جنگنده‌ی بازنشسته F-4 Phantom II به جنگنده های مدرن F-35A Lightning II به عنوان بخشی از نوسازی نظامی خود تغییر مسیر داد. پس از آن JASDF با استقرار در پایگاه هوایی Misawa و اقدام به همکاری‌های بین‌المللی مانند تمرین‌های مشترک با استرالیا و رزمایش‌های سه جانبه با ایالات متحده و کره جنوبی، F-35A را در ناوگان خود ادغام کرده است.