Вообще-то говоря, клоун изначально не являлся отрицательным символом.
Клоун – это архетип, первые клоуны появились ещё в Древнем Египте, где выполняли скорее сакральную функцию, а в Риме были даже "похоронные клоуны".
В Средние века клоуны по сути приравнялись к шутам, выполняя придворную и иногда советническую функцию.
Уже в наше время клоун в традиционном понимании стал скорее пережитком прошлого, гораздо популярнее стал образ "злого клоуна" – Пеннивайз, Арт.
В Интернете многие вещи становятся симулякрами. Французский социолог Бодрийяр говорил, что обычные вещи или явления в Сети приобретают совсем другие смыслы, становясь символами.
Так и символ или реакция клоуна стала олицетворять в Интернете что-то глупое, отрицательное.
По поводу вопроса, почему – не знаю. Могу вообще только эту реакцию оставить.