Згодом герб став центральною композицією прапора ОУН. У підпільних умовах, в яких довгі роки діяла ОУН, використовувати прилюдно та навіть зберігати прапор було складно і небезпечно. Однак при цьому прапор ОУН використовувався у 1938-1939 роках на Закарпатті як прапор «Карпатської Січі», в лавах якої члени ОУН боролися за незалежність Карпато-Української держави. На IV Великому Зборі українських націоналісті у 1955 році прийнято Правильник церемоніалу, де подано опис емблеми прапора, печатки ОУН: «Прапор ОУН є блакитний, зі золотим Тризубом з мечем в центрі полотнища. Довжина полотнища 6 одиниць, широта 4 одиниці. Виміри полотнища 120×120 см. Тризуб вміщений в центрі».