Рослесхоз претензий не имел и выразил готовность передать в границы Воронежа 163,8 га: 126,5 га на левом берегу и 37,3 га - на правом. Вместе с тем собирающее отзывы Минэкономразвития РФ отклонило проект Сергея Петрина из-за претензий других ведомств. Миннауки и высшего образования не стало согласовывать генплан Петрина, так как 39 земельных участков воронежских вузов не были отнесены к зоне специализированной общественной застройки. Земли значатся в иных зонах, включая многоэтажную застройку. В министерстве подчеркнули, что документ «может оказать негативное влияние на уставную деятельность» вузов. Более того, ведомство потребовало исключить из границ Воронежа 259,4 га, уточнив, что земли лесфонда принадлежат Воронежскому государственному лесотехуниверситету. Минприроды РФ отказало обновлённому генплану в согласовании, попросив доработать проект с учётом замечаний Воронежского биосферного заповедника и Роснедр. По данным заповедника, к Воронежу отнесены несколько участков и дорог Верхнехавского района, на которых расположена охраняемая им территория. Роснедра заявили о необходимости уточнения оперативных данных о наличии в городе предоставленных в пользование участков недр, месторождений и (или) проявлений полезных ископаемых. Часть федеральных ведомств согласуют генеральный план Сергея Петрина при соблюдении их условий. ФГКУ «Центральное территориальное управление имущественных отношений» Минобороны попросило отнести один из принадлежащих ему земельных участков к зоне специального назначения, а не многоэтажной застройки. Минэнерго - актуализировать данные по мощности источников тепловой энергии. Росрыболовство - указать ограничения охранных зон по объектам их ведомства.